Databases Biologiques
Tumorothèque Virtuelle
La base de données Tumorothèque Virtuelle est une base de données accessible par Internet qui permet l’accès aux collections des prélèvements des différentes tumorothèques d’une région. Cet outil permet de centraliser les collections d’échantillons biologiques provenant de nombreux établissements hospitaliers ou laboratoires. La Tumorothèque Virtuelle permet aux chercheurs de consulter les ressources biologiques disponibles grâce à un moteur de recherche rapide et précis pour ensuite en faire la demande auprès des sites possédant les prélèvements recherchés.
Oracle customer snapshot sur la Tumorotèque Virtuelle développée par Modul-Bio.
Cette base de données centralise les bases de données locales hétérogènes de chacun des laboratoires participant. Deux modes de recherche des échantillons cryopréservés sont proposés:
- une recherche à partir de la Classification Internationnale des Maladies, établie par l'Organisation Mondiale de la Santé (CIM10)
- une recherche à partir des critères de l'échantillon recherché
Modul-Bio a réalisé deux tumorothèques virtuelles :
- Tumorothèque Virtuelle du Canceropôle PACA : www.biobank-paca.com
- Tumorothèque Virtuelle du Canceropôle GSO : www.biobank-gso.org
Ces bases de données permettent la gestion des prélèvements suivant une soixantaine de champs (définis par l’INCa dans le « catalogue de données à l’usage de la Tumorothèque Virtuelle ») :
- Renseignements sur le centre
- Renseignements sur le patient
- Renseignements sur la maladie
- Renseignements sur le prélèvement
- Renseignements sur le type d’échantillon biologique conservé : Tissus et / ou cellules tumorales
- Renseignements sur le type d’échantillon biologique conservé : Tissus et / ou cellules non tumorales
- Renseignements complémentaires
identifiant du centre et nom du centre, personne responsable de la collection (nom, prénom, organisme, laboratoire / département, adresse, email, site Internet), personne à contacter pour effectuer une demande de prélèvements (nom, prénom, organisme, laboratoire / département, adresse, email, site Internet)
numéro identifiant patient (anonymisation), date de naissance, sexe, état (vivant, décédé) et date de l’état
diagnostique principal et date du diagnostique, stade TNM au diagnostique (C TNM), version du TNM utilisé, taille de la tumeur (T du TNM), envahissement ganglionnaire (N du TNM), extension métastatique (M du TNM)
centre de stockage, identifiant, type du prélèvement, date du prélèvement, classification du code organe (numéro, description), code organe (numéro, description), type lésionnel histologique, type d’évènement, version du PTIM utilisé, taille de la tumeur, envahissement ganglionnaire
mode de conservation, type d’échantillon, mode de préparation, délai de congélation, contrôle, quantité, unité, % de cellules tumorales vivaces, ADN dérivé, ARN dérivé, protéines dérivées
mode de conservation, type d’échantillon, mode de préparation, délai de congélation, contrôle, quantité, unité, ADN dérivé, ARN dérivé, protéines dérivées, sérum, plasma, liquides, ADN constitutionnel
compte rendu anatomopathologique standardisé requêtable, données disponibles dans une base, inclusion dans un protocole thérapeutique, caryotype, anomalies génomiques, image de la tumeur (possibilité d’avoir plusieurs images) avec commentaires et dates associées, contrôle qualité biologie moléculaire, inclusion dans un protocole de recherche, type de cancer, commentaires